Действие первое
На принца Тамино нападает огромный страшный змей, и принц теряет сознание. Появляются три дамы, которые убивают змея. Тамино спасен от гибели, а его спасительницы спорят о том, кому из них охранять красивого юношу. Не договорившись, они уходят вместе, чтобы рассказать о принце своей властительнице, Царице ночи.
Очнувшись, Тамино видит необычного человека – это птицелов Папагено. Он ловит птиц для Царицы ночи. Принц полагает, что именно Папагено – его избавитель, и Папагено этого не отрицает. Но за свою ложь Папагено будет наказан: вернувшись, три дамы надевают ему на лицо маску с кляпом. Тамино же они вручают портрет девушки поразительной красоты. Это дочь Царицы ночи Памина. Тамино тут же влюбляется в красавицу. И дамы рассказывают ему, что Памина похищена всесильным и жестоким Зарастро. В раскатах грома и вспышках молний появляется Царица ночи. Она умоляет Тамино спасти дочь и в награду за спасение обещает отдать ее ему в жены. Три дамы снимают маску с Папагено и заставляют его поклясться, что он никогда больше не будет врать. Они дают Тамино волшебную флейту, которая поможет преодолеть все препятствия, а Папагено – колокольчики, способные веселить сердца. В сопровождении трех мальчиков Тамино и Папагено отправляются в путь.
Во дворце Зарастро три раба между собой подсмеиваются над назначенным стеречь Памину мавром Моностатосом из-за того, что он упустил свою пленницу. Внезапно появляется Моностатос с пойманной беглянкой, он выгоняет всех, чтобы остаться с Паминой наедине. В это же время Папагено пробирается в комнату Памины, и, когда Моностатос набрасывается на нее, чтобы поцеловать, они неожиданно сталкиваются нос к носу и в ужасе разбегаются. В забытьи Памина зовет мать, но, очнувшись и вспомнив, что с ней произошло, приходит в отчаяние.
Тем временем Папагено возвращается к Памине и объясняет, что послан ее матерью, Царицей ночи. Папагено рассказывает девушке о любви к ней принца Тамино – Памина взволнована самим словом «любовь». Вместе они пускаются в бегство. По дороге Папагено сетует на то, что у него нет возлюбленной.
Три мальчика отводят Тамино в храм Зарастро. Навстречу ему из храма мудрости выходит Жрец. Он открывает Тамино, что Царица ночи обманула его: Зарастро – не коварный волшебник, а мудрый и справедливый правитель, похитивший Памину по велению богов. Это всё, что Жрец пока может сказать Тамино. Принц узнает всю тайну лишь после того, как пройдет посвящение в храме. Юноша просит богов сказать, жива ли Памина. Таинственные голоса возвещают, что девушка цела и невредима. Обрадованный Тамино наигрывает на волшебной флейте, вознося благодарность богам. В ответ доносится звук свирели Папагено. Папагено и Памина тоже слышат звуки флейты, на которой играет Тамино, и спешат к нему, но сталкиваются с преследующим их мавром Моностатосом. Выручают беглецов волшебные колокольчики Папагено. Мавр, загипнотизированный музыкой, засыпает. Но тут перед Паминой и Папагено появляется сам Зарастро. Памина, решившая говорить только правду, признаётся волшебнику, что пыталась убежать, и жалуется на домогательства Моностатоса. Зарастро ей сочувствует. Он знает, что она влюблена в Тамино. И Моностатосу, которому тем временем удалось захватить в плен принца Тамино, вместо вознаграждения от своего властелина достается 60 палочных ударов по пяткам. Однако по приказанию Зарастро
Тамино и Памина должны быть разлучены, так как принцу и его спутнику Папагено предстоит еще пройти ряд испытаний. Жрец и Оратор завязывают Тамино и Папагено глаза и препровождают их в храм.
Действие второе
Тамино и Папагено остаются одни в кромешной тьме. Грохочет гром. В поисках выхода два друга встречают Оратора и Жреца с факелами в руках. Они обещают счастье не только Тамино, но и Папагено (который здесь найдет себе подругу жизни), если оба достойны будут вступить в царство мудрости и любви. Для этого они должны подвергнуться испытанию молчанием. Появляются три дамы, которые стараются разговорить Тамино и Папагено. Папагено почти готов нарушить молчание, но Тамино останавливает его. Возвращаются Жрец и Оратор, и три дамы исчезают под удар грома, вызывающий у Папагено дрожь. Оратор поздравляет Тамино с завершением первого испытания. Моностатос подкрадывается к спящей в садовой беседке Памине, чтобы ее поцеловать. Но внезапное появление Царицы ночи заставляет его скрыться. Царица ночи передает проснувшейся дочери кинжал и велит ей убить Зарастро, угрожая отречься от нее, если она ослушается. После исчезновения Царицы ночи подслушавший весь разговор Моностатос снова домогается любви Памины. Получив решительный отказ, он пытается убить девушку. Ее спасает внезапное появление Зарастро. Волшебник выгоняет Моностатоса, и тот уходит искать покровительства Царицы ночи, а Зарастро предсказывает Памине, что ее мать ждет поражение, а сама она познает счастье с Тамино.
Жрец и Оратор готовят Тамино и Папагено ко второму испытанию – разлукой. Они приказывают им молчать, но болтливый Папагено держать язык за зубами не в состоянии и жалуется на жажду. В наказание за это ему является старуха. Она подает Папагено воду, утверждает, что ей 18 лет, и называет его своим возлюбленным. Папагено в ужасе выплескивает воду старухе в лицо, и она убегает под раскаты грома.
Три мальчика приносят Тамино и Папагено еду и отдают каждому из них его музыкальный инструмент. Тамино молча берется за флейту, а Папагено принимается за еду. И даже когда к нему приходит Памина, Тамино продолжает молчать. Памина пытается узнать, что случилось, от Папагено, но и он на сей раз хранит молчание. Пораженная этим, девушка впадает в отчаяние и хочет покончить с собой.
Но испытание должно продолжаться несмотря ни на что. Папагено и Тамино нужно идти, однако Папагено не может оторваться от еды. Тамино пытается увлечь его за собой силой, но в конце концов бросает тщетные попытки и уходит. К оставшемуся в одиночестве Папагено подступают львы. Напуганный до смерти, он зовет Тамино, и тот, вернувшись, игрой на флейте спасает незадачливого птицелова. Напуганный Папагено отныне обещает беспрекословно слушаться Тамино.
В результате испытания Папагено оказывается в заключении. Ему одиноко и страшно. Он голоден. Он плачет от отчаяния. Появившемуся Оратору он признаётся, что предпочитает радостям посвященных радости земные. Его желание чудесным образом исполняется – ему подают бокал вина. Однако Папагено еще не вполне счастлив: ему не хватает возлюбленной. И перед Папагено вновь появляется старуха. Жениться на ней – единственная возможность получить свободу. Папагено соглашается – и тотчас старуха превращается в красивую девушку Папагену. Папагено спешит к ней, но между ними встает Оратор, и Папагено проваливается под землю.
Памина, разуверившись в любви Тамино, хочет заколоть себя кинжалом, который ей дала мать, однако три мальчика удерживают ее от самоубийства, убеждая в том, что Тамино любит ее. Они помогают ей найти возлюбленного, и Памина открывает Тамино тайну происхождения волшебной флейты. Им осталось последнее испытание – огнем и водой.
Прижавшись друг к другу, под звуки волшебной флейты Тамино и Памина проходят этот трудный и опасный путь. Их испытания окончены.
Тоскует по своей возлюбленной и Папагено, в отчаянии он тоже хочет расстаться с жизнью. И три мальчика приходят к нему на помощь. По их совету он игрой на волшебных колокольчиках возвращает себе Папагену. Они счастливы.
Тогда Царица ночи вместе с Моностатосом, которому она пообещала свою дочь в жены, и тремя дамами готовится напасть на храм Зарастро и разрушить его. Но Зарастро раскрывает заговор, и Царица ночи со свитой навсегда исчезает во тьме. Воцаряются свет, мудрость и любовь.
