Себастьян Готтшик родился в 1959 году в Дюссельдорфе. Изучал дирижирование, композицию и игру на скрипке в высших школах музыки Кёльна, Берлина, Гамбурга и в Джульярдской школе в Нью-Йорке. В настоящее время выступает как дирижер, альтист и скрипач, занимается композицией и ведет педагогическую деятельность.
В 1989 году начал выступать в составе ансамбля Oriol Berlin, а в 1993 году стал художественным руководителем коллектива. Сотрудничал в этой роли с такими солистами, как Кристиан Тецлафф, Андреас Стайер, Аннер Билсма, Кристина Шефер, Маркус Штокхаузен, Петра Мюллеянс, Бернхард Форк и многими другими.
В 1994 году он основал Manon Quartett Berlin. В 1994–2003 годах был музыкальным руководителем Новой оперы в Берлине. Выступал как дирижер в Берлинской камерной опере, Театр им. Ганса-Отто Пауля Фридриха Боргмана в Потсдаме, Театре Базеля, венецианском Ла Фениче и Национальном театре Сан-Карлуш в Лиссабоне.
С 2005 года он является музыкальным руководителем ансамбля Wien/Berlin, который занимается новыми формами музыкального театра. Давал концерты с ансамблями Klangforum Wien, MusikFabrik, «Потсдамская камерная академия», Дюссельдорфским симфоническим оркестром, симфоническими оркестрами радио Франкфурта, Варшавы, Берлина, Штутгарта и Мюнхена.
Активно сотрудничает с Цюрихским ансамблем новой музыки, для которого написал Партиту (2008), сочинения «Шепот небесной смерти» (2009) и Memento Mori (с Кристофом Кобургером, 2011).
Преподает в Кёльнской высшей школе музыки и танца.
Информация на май 2019 года